مرکز تحقیقات پایه در بیماریهای عفونی به عنوان اولین مرکز تحقیقات پایه ای در بیماریهای عفونی در سطح استان به بررسی و تحلیل وضعیت موجود، اولویت و نیازهای بهداشتی جامعه، همچنین بررسی راهمکارهای درمانی در جهت رفع نیازهای بهداشتی درمانی جامعه مرتبط با بیماری های انگلی و قارچی در کنار اجرای تحقیقات بنیادی در جهت تولید علم در دانشگاه می باشد.