این مرکز در سال ۱۳۸۷ با عنوان "مرکز تحقیقات انگل شناسی و قارچ شناسی" ثبت شده و در زمینه اپیدمیولوژی، پاتوژنز و تشخیص عفونت های انگلی و قارچی شروع به فعالیت نمود . با گسترش حوزه فعالیت های پژوهشی مرتبط با سایر بیماریهای عفونی دراین مرکز و تاکید بر انجام مطالعات پایه علاوه بر سایر پژوهش های بالینی، به عنوان" مرکز تحقیقات پایه در بیماری های عفونی" تغییر نام یافت و در سالهای ۱۳۹۱ موفق به اخذ موافقت اصولی، و به استناد رای صادره دویست و پنجاه و نهمین جلسه شورای دانشگاه های علوم پزشکی اخذ موافقت قطعی در تاریخ ۱۳۹۶ از وزارت متبوع گردید.